Для аккуратной нишевой вставки принципиально, чтобы сквозь отверстия не проходили мелкие предметы. Как понять, подходит ли эта геометрия?

Сравните минимальный габарит предметов с формой и размером отверстий. Если требуется защитная функция, дополнительно проверьте нормативные безопасные расстояния. Заранее запишите в спецификации проход частиц через отверстия.

Перед изготовлением разделителя в помещении хочу спросить: можно использовать готовые отверстия перфорации для крепления к каркасу или лучше отдельно просверлить монтажные?

Монтаж через перфорацию возможен не всегда: отверстия должны подходить по расположению, размеру и нагрузке. Надёжнее согласовать узел крепления по схеме. В данном случае особенно важно проверить места фиксации возле отверстий.

По листу шириной 1500 мм подскажите: при расчёте заполнения секций нужно закладывать весь размер или оставлять место на стыки?

Габаритная ширина здесь 1500 мм. Для расчёта закладывают способ крепления и величину стыков, а не условную «рабочую» ширину профнастила; по схеме можно проверить раскрой.

Есть вопрос по материалу для вставки в дверцу шкафа: если установить светильник за такой панелью, сильно ли изменится рисунок тени по сравнению с тем, что видно при дневном свете

Рисунок тени определяется расстоянием до лампы, размером отверстий и направлением света. Для декоративной подсветки лучше испытать небольшой образец. Если проект связан с вставки в дверцу шкафа, отдельно оцените эффект тени и расстояние до света.