уже смонтированный конёк немного поцарапали инструментом. Достаточно ли подкрасить место повреждения?

Мелкие царапины оценивают по глубине. Если защитный слой повреждён до металла, участок очищают и обрабатывают подходящим ремонтным составом для данного покрытия.

После резки по месту нужно ли чем-то обработать открытый металлический торец коньковой планки?

Открытый срез следует очистить и при необходимости защитить совместимым ремонтным составом. Особенно внимательно обрабатывают места с повреждённым полимерным слоем.

Насколько легко помять такую планку при перевозке, если металл имеет толщину 0,5 мм?

Даже при толщине 0,5 мм добор можно деформировать точечным нажимом. Перевозите его на ровной опоре, фиксируйте от смещения и не кладите тяжёлые предметы сверху.

Когда планки соединяются в одну линию, нужно ли заранее вычитать из расчёта длину перекрываемых концов

Да, при расчёте полезной длины учитывают нахлёсты между деталями. Их размер следует брать из схемы монтажа конкретного кровельного узла, чтобы не получить нехватку материала.